Heilbrigðiseftirlit Suðurnesja hefur eftirlit með mengunarvörnum í samræmi við lög nr. 7/1998 um hollustuhætti og mengunarvarnir. Undir eftirlitið fellur starfsemi sem getur haft mengun í för með sér.
Eftirlit embættisins nær meðal annars til vélaverkstæða, trésmíðaverkstæða, skipasmíðastöðva, bensínafgreiðslu, efnalauga, prentsmiðja, sprautuverkstæða, tannlæknastofa, kaffibrennsla, hænsnabúa, smurstöðva og sambærilegra fyrirtækja. Rekstur slíkra fyrirtækja er starfsleyfis- og eftirlitsskyldur. Sækja ber um starfsleyfi til embættisins á sérstöku eyðublaði.